Қатаң режим кезеңіндегі қысымдар мешітті де айналып өтпеді. 1956 жылы зияраттағы мешіттің ашылуына рұқсат берілгенімен, 1959 жылдың желтоқсанында қайта жабылды.

1972 жылдан бастап, яғни Имам Бұхаридің туғанына 1200 жыл толуын (1974 жыл) атап өтуден екі жыл бұрын, мешіт қайтадан жұмыс істей бастады.

Өзбекстан Республикасы тәуелсіздікке қол жеткізгеннен кейін, Министрлер Кабинетінің 1997 жылғы 29 сәуірдегі қаулысына сәйкес, кесене небәрі 8 ай ішінде қайта салынды. Кесене шаршы пішінде болып, оның қабырғалары 9×9 метрді құрайды. Ғимараттың жалпы биіктігі күмбезімен бірге 17,6 метрге жетеді. Кешендегі мешіттің биіктігі 6 метр, ені 19,5 метр кеңдікте және ұзындығы 21,5 метр болып салынды. Ол бір уақытта 1500 адамның намаз оқуына арналған еді.

Президенттің 2020 жылғы 2 наурыздағы «2017–2021 жылдары Өзбекстан Республикасын дамытудың бес басым бағыты бойынша Әрекеттер стратегиясын “Ғылым, білім және цифрлық экономиканы дамыту жылы” аясында жүзеге асыру туралы» жарлығына сәйкес, осы тарихи кешенді жаңа жоба негізінде қайта салу жұмыстарына старт берілді.

Сыйымдылыңы үлкен мешіт, Имам Бұхари халықаралық ғылыми-зерттеу орталығы, Имам Бұхари инновациялық мұражайы және Хадис ілімі мектебін қамтитын заманауи кешен толықтай қайта салынып, 2026 жылдың көктемінен бастап толық пайдалануға берілді.