В статье отмечается, что по мере быстрого появления нескольких новых вариантов мутаций в геноме коронавируса с течением времени существует постоянная необходимость периодического определения последовательности генома генотипов SARS-CoV-2 того или иного региона. Это необходимо для своевременной разработки средств диагностики, мониторинга и лечения вируса в условиях глобальной пандемии.
С этой целью учеными Центра геномики и биоинформатики были взяты образцы 32 пациентов, у которых выявлен ПЦР-положительный результат на COVID-19 среди населения Ташкентской области Узбекистана во время первой волны пандемии в ноябре и декабре 2020 года и разместили качественные полные данные о последовательностях генома в Международной базе данных. Выявлены полиморфизмы нуклеотидных последовательностей в образцах геномов, в том числе носинонимические (миссенс) и синонимические мутации в кодирующих областях генома коронавируса.
Было обнаружено, что геномные секвенсы вариантов коронавируса в то время аналогичны штаммам в Африке и на Ближнем Востоке, а также европейским и североамериканским штаммам. Очевидно, что коронавирус проник в Узбекистан из-за международных поездок. То есть пациенты первой волны были инфицированы африканскими, ближневосточными, европейскими и североамериканскими вариантами штамма Uxan.
Филогенетический анализ группировал 14 образцов полных последовательностей генома (1, 2, 4, 5, 8, 10-15, 17, 32) до класса G (или подкласса GR) и четыре образца последовательностей полного генома до класса C (3, 6, 25, 27). Всего было идентифицировано 128 мутаций, в том числе 45 полных и 83 редких мутации. Из них четыре представляют восходящую мутацию, шесть - нисходящую мутацию, 50 представляют синонимическую и 67 - missense мутацию.
Эти данные являются первыми данными о последовательностях генома коронавируса из Республики Узбекистан, которые послужат для пополнения глобальной базы данных последовательностей коронавирусов, дальнейших сравнительных исследований. Что наиболее важно, данные о последовательности генотипа коронавируса, полученные в этом исследовании, служат полезным ресурсом для сравнения, диагностики, мониторинга и лечения заболевания COVID-19 на местном и региональном уровнях, сообщает пресс-служба Мининноваций РУз.
